以下は、prj1、prj2、prj3、prj4 というプロジェクトを、
VBScriptでバッチ処理する例です。
Const TITLE_STR = "TMPGEnc"
Set WshShell = WScript.CreateObject("WScript.Shell")
Enc_sub("prj1.tda3")
Enc_sub("prj2.tda3")
Enc_sub("prj3.tda3")
Enc_sub("prj4.tda3")
Function Enc_sub(PRJ_FILE)
	'--- TMPGEncプロジェクト起動 --
	WshShell.Run PRJ_FILE,1,FALSE
	'--- 起動待ち -----------------
	WScript.Sleep 1000*20		' 20sec
	'WScript.Sleep 1000		' 1sec
	'--- '前回自動シャットダウンで終了しました' を閉じる ---
	WshShell.Run "click_xy.exe 750,610",1,TRUE' <--------
	WScript.Sleep 1000		' 1sec
	'--- メインメニュー切り替え ---
	WshShell.SendKeys("{F9}")
	WScript.Sleep 1000		' 1sec
	'--- 書き出しボタンを押す -----
	WshShell.Run "click_xy.exe 280,700",1,TRUE ' <--------
	'--- エンコ終了待ち -----------
	do while WshShell.AppActivate(TITLE_STR)
		WScript.Sleep 10000	' 10sec
	loop
	WScript.Sleep 1000*30		' 30sec
End Function
<-------- で示した行は、ボタンのx,y座標を各自調整してください。
TMPGEnc Author3 のウィンドウを最大化すれば、
ボタンのx,y座標は、一意に決まると思います。
また、上記スクリプト内で呼んでいる、
click_xy.exe
のソースは、以下の通りです。(VC++6.0でコンパイルできます。)
#include <windows.h>
int WINAPI WinMain(HINSTANCE hCurInst,HINSTANCE hPrevInst,LPSTR lpsCmdLine,int nCmdShow)
{
	int x=100,y=100;
	char *tok;
	char buf[64];
	if(lpsCmdLine[0]!='\0'){
		strcpy(buf,lpsCmdLine);
		tok = strtok(buf," ,\"");
		if(tok!=NULL) x = atoi(tok);
		tok = strtok(NULL," ,\"");
		if(tok!=NULL) y = atoi(tok);
	}
	SetCursorPos(x,y);// on target
	mouse_event(MOUSEEVENTF_LEFTDOWN,0,0,0,0);
	mouse_event(MOUSEEVENTF_LEFTUP,0,0,0,0);
	return 0;
}
以上です。