動画の不要な部分をカットしようとしたのですが、開始〜終了を設定して実行しても「不正なMPEGビデオストリームです」というエラーが出てしまいます。
原因・対処法わかる方いたら教えてください。

原因は書いてある通りです。そのカットしようとしているMPEGファイルのビデオストリームが不正なの
でしょう。TMPGEncのMPEGツールは、TMPGEncでエンコードした以外のファイルは動作対象とはな
りません。他のもっと汎用性のある編集ツールを使うべきでしょう(かといってお勧めの編集ソフトはなに
かと問われても良いものを知らないので答えられないですが)。

fayさんありがとうございました。
TMPGEncは使えないようなので、別のツールを探してみます。