インターレース解除の設定で、24fps化するかしないかに関わらず、
DVD-NTSCフォーマットの出力設定で、ビデオタイプを再生時3:2プルダウンにした状態で、
映像解像度を352x240に変更すると、ビデオタイプはプログレッシブに変わるのに、
出力フォーマットは23.976fpsのままでエンコードされてしまいます。
このような操作をすることはユーザー側で気をつけるべきなのかもしれませんが、
ビデオタイプが変わったら、フレームレートも適切に変わるようになったほうがいいのではないでしょうか。

TMPGEnc 3.0 XPressベータテスト参加ありがとうございます。
検証担当です。

出力フォーマット選択で352*240時に29.97fpsにならない問題を
確認いたしました。

ご報告ありがとうございました。
これからもTMPGEnc 3.0 XPressをよろしくお願いします。